Installation des outils

Tout d’abord, installons les outils nécessaires au tutoriel avec Homebrew :

bash-prompt> brew install socat docker docker-machine
bash-prompt> brew cask install virtualbox xquartz

Démarrer l’environnement R sous Docker

Nous commencerons par lancer Docker avec docker-machine et préparer l’environnement. Nous allons créer une machine virtuelle factominer :

bash-prompt> docker-machine create -d virtualbox factominer
bash-prompt> docker-machine start factominer
bash-prompt> eval $(docker-machine env factominer)

Nous avons ensuite besoin de l’adresse IP de la machine virtuelle pour faire du transfert de ports X11 :

bash-prompt> ifconfig | grep -e vbox -A4

Nous récupérons l’adresse IP nommée inet, par exemple dans inet 192.168.99.1 netmask 0xffffff00 broadcast 192.168.99.255 nous récupérons 192.168.99.1 et l’appelerons <adresse-vbox>.

Nous lançons ensuite XQuartz, et nous transférons son port X11 vers un port TCP local :

bash-prompt> xquartz
bash-prompt> socat TCP-LISTEN:6000,reuseaddr,fork UNIX-CLIENT:\"$DISPLAY\" &

Enfin, nous lançons R avec la librairie FactoMineR grace à Docker (et au Dockerfile gentiment fourni par l’Institut de Génomique de Paris) :

bash-prompt> docker run -e DISPLAY=<adresse-vbox>:0 -it genomicpariscentre/babel:latest

Utiliser la librairie R FactoMineR dans l’environnement

Une fois dans l’environnement R, nous pouvons utiliser FactoMineR. Par exemple pour faire une FAMD sur l’exemple donné dans l’aide :

r-prompt> library(FactoMineR)
r-prompt> data(geomorphology)
r-prompt> res <- FAMD(geomorphology)

Voilà ! FactoMineR fonctionne avec un environnement graphique sous macOS, au lieu d’envoyer ses données graphiques dans des PDF par défaut…